Er studierte bei Bernhard Gmelin (Hamburg), Erling Blöndal Bengtsson (Köln), Heinrich Schiff (Köln) und Walter Nothas (München). Neben einem Kammermusikstudium beim Amadeus-Quartett (Köln) besuchte er Meisterkurse bei Claus Kanngiesser, Boris Pergamenschikow und William Pleeth. Weitere wichtige Anregungen erhielt er von Pierre Fournier und André Navarra.

1988 debütierte Philipp von Morgen mit einem Sonaten-Abend in der Frankfurter Alten Oper.
Seitdem führten ihn ausgedehnte Konzertreisen als Solist, Kammermusiker und Continuo-Cellist nach Italien, Spanien, Frankreich, Belgien, Österreich, Kroatien, Bosnien und Herzegowina, Tschechien, in die Slowakei, die Schweiz, nach Dänemark, Irland, Israel, Kasachstan und quer durch Deutschland.
Er machte zahlreiche Rundfunk-, Fernseh- und Schallplattenaufnahmen (u.a. für den BR, WDR, SWR, den japanischen Fernsehsender NHK, EMI und allein für die Deutsche Grammophon 7 CDs). Für eine seiner Aufnahmen erhielt er im Jahre 2000 den Deutschen Schallplattenpreis "Echo Klassik".

Sein Repertoire reicht von Girolamo Frescobaldi bis Ennio Morricone, er setzt sich sehr für die Uraufführung neuer Kompositionen ein und arbeitet regelmäßig mit Jazz- und Popmusikern zusammen.

Philipp von Morgen spielt ein Meisterinstrument des flämischen Geigenbauers Ambroise de Comble aus dem Jahre 1780.

Hobbys: Lesen, Spazierengehen und Schwimmen.